В ходе повторного обсуждения Рийгикогу внес поправки в инициированный правительством Закон о внесении изменений в Закон о церквях и приходах (570 UA), не провозглашенный президентом в апреле. Парламент исключил из закона запрет на руководство со стороны находящегося в иностранном государстве и имеющего существенное влияние лица, так как эта формулировка, по оценке президента, могла иметь слишком широкое толкование. Кроме того, переходный период для внесения необходимых изменений был продлён с двух до шести месяцев.
По предложению ведущей комиссии, парламент изменил формулировку закона следующим образом: церковь, приход, союз приходов и монастырь не могут посредством своего устава или иного документа, на котором основана их деятельность, либо экономически быть связанными с находящимися в иностранном государстве религиозным центром, руководящим органом, религиозным объединением или духовным лидером, которые представляют угрозу безопасности, конституционному или общественному порядку Эстонского государства.
Рийгикогу также уточнил значение возможной угрозы. Согласно дополненной формулировке, угроза безопасности, конституционному или общественному порядку Эстонского государства может возникнуть, среди прочего, когда религиозный центр, руководящий орган, религиозное объединение или духовный лидер подстрекают к деятельности либо поддерживают или финансируют деятельность, направленную на насильственное изменение независимости, территориальной целостности или конституционного строя Эстонии; поддерживают или поддерживали военную агрессию или призывали к войне, актам терроризма или иному противоправному использованию оружия или насилию. В закон была добавлена фраза «подстрекают к деятельности либо поддерживают или финансируют деятельность, направленную на насильственное изменение независимости, территориальной целостности или конституционного порядка Эстонии».
Рийгикогу принял закон 9 апреля. Закон среди прочего призван пресечь возможности использования действующих в Эстонии религиозных организаций в целях враждебного влияния, распространения радикальных идеологий или подстрекательства к насилию под прикрытием гарантированных Конституцией свободы вероисповедания и свободы объединений. Согласно пояснительной записке, Эстония защищает свободу вероисповедания и каждый имеет право выбирать, хочет ли он следовать каким-либо религиозным верованиям и если да, то каким; но, помимо проявления уважения к свободе вероисповедания, убеждений и объединений, государство также должно считаться с аспектами, угрожающими безопасности государства или общества.
Также закон уточняет, кто может служить в Эстонии в качестве духовного лица или входить в состав правления религиозного объединения. Духовным лицом или членом правления религиозного объединения не может быть человек, не имеющий права на проживание или нахождение в Эстонии. Помимо этого, уточняются требования в отношении устава религиозного объединения и создается возможность для отделения от церкви, деятельность, устав или состав правления которой не соответствуют устанавливаемым требованиям. Для этого религиозное объединение должно принять новый устав, после чего соответствующие требованиям изменения можно будет внести в регистр без одобрения со стороны руководящего органа церкви, если получение такого одобрения не представляется реалистичным.
Президент не провозгласил закон 24 апреля, посчитав, что создаваемое им ограничение свободы вероисповедания и свободы объединений не является пропорциональным. Он счел необходимым вновь рассмотреть закон в Рийгикогу и привести его в соответствие с Конституцией. 14 мая пленарное заседание Рийгикогу решило, что не примет закон снова в неизмененном виде, а приступит к его изменению.
При повторном обсуждении закона Рийгикогу внес в него поправки и принял закон на прошедшем в среду пленарном заседании. Результат голосования: 68 голосов «за» и 17 «против».
