По оценке Госконтроля, Министерство окружающей среды должно уделять больше внимания вопросам обращения с опасными отходами, поскольку деятельность подотчетных министерству учреждений по обращению с опасными отходами не была результативной, и государственная отчетность по опасным отходам содержит много недостоверных данных. Также государство не обеспечило возможности окончательного складирования опасных отходов, поскольку управление находящимся в собственности государства центром обращения с опасными отходами в Вайвара управляли нерезультативно и эта работа остановлена с осени 2012 года.
Государство проявило беспомощность в вопросе обращения с опасными отходами, потому что в центрах не удалось обеспечить ведение этой деятельности надлежащим образом. Лишь в тартуском центре в течение многих лет обеспечивается целенаправленное обращение с опасными отходами. Центры в Вайвара и Таллинне использованы лишь на треть, поскольку их мощность была переоценена и оборудование оказалось неподходящим.
Еще в 2006 году Госконтроль рекомендовал государству рассмотреть вопрос об отчуждении центров, указывая на необходимость сосредоточиться, скорее, на общую организацию обращения опасных отходов. Центры в Таллинне и Тарту были проданы государством в начале 2015 года. Центр Вайвара, который по-прежнему находится в собственности государства и является единственным местом складирования опасных отходов в Эстонии, с осени 2012 года стоит без дела. У центра Вайвара до сих пор нет очистной системы для гравитационных вод свалки, в результате чего загрязнена и окружающая среда.
По данным официальной статистики, в 2013 году в Эстонии возникло 264 000 тонн опасных отходов
(не считая отходов сланцевой промышленности). 70% опасных отходов было направлено в повторное использование. В то же время, нет уверенности в достоверности имеющихся данных, поскольку отчетность государства в части отходов за период 2007–2013 не отражала достоверно ситуацию и положение в сфере обращения с опасными отходами. Например, в отчетах по отходам за 2013 год повторное использование на пятую часть больше и количество не обработанных на конец года отходов вдвое больше действительного.
Имеющиеся в отчетах по отходам серьезные ошибки и неточности указывают на недостаточность контроля со стороны государства. Департамент окружающей среды и Инспекция по окружающей среде не смогли обеспечить тщательную проверку достоверности данных, представленных в отчетах по отходам. Одной из причин этого является неэффективность связанных с данными об отходах информационных систем. Поэтому выявление в отчетах ошибок и неточностей затруднено, что влияет на уровень доверия ко всем государственным данным по обращению с опасными отходами.
